男子马拉松金牌是本届奥运会决出的最后一块金牌，选手们沿着古希腊马拉松战役后斐里庇得斯跑回雅典报告胜利消息的路线进行比赛。巴西选手利马在下半程一直领先，距离终点还有大约１５分钟时，他领先第二名约４２秒，这时一名观众突然冲上来将他推到路边的人群之中，尽管他很快返回赛道继续比赛，但已被意大利选手巴尔蒂尼和美国的克菲勒泽格西超过。最后，意大利人巴尔蒂尼第一个冲进体育场，他以2小时10分55秒的成绩摘走了雅典奥运最后一枚金牌，美国选手克菲勒泽格西以34秒之差屈居第二，利马以2小时12分11秒获得铜牌。国际奥委会主席罗格在闭幕式上为前三名选手颁奖。