在印尼巴厘岛系列爆炸事件发生后，印尼非法军事组织伊斯兰祈祷团被认为可能与此事有牵连。目前，伊斯兰祈祷团的领导人巴希尔以身体原因为借口，这使警方无法执行逮捕令。巴希尔表示，将用一切手段来抗拒对他的逮捕行动，并声称伊斯兰祈祷团并不存在。目前，联合国和美国都已宣布伊斯兰祈祷团是与基地组织有联系的恐怖组织。