由于亚运会的关系，甲A在第22轮结束后，休战一个月。第二阶段联赛从7月初到9月中旬一共进行了16轮较量，是本赛季时间最长、比赛场次最多的一个阶段。上海的两支球队在这一阶段都经历了一些起伏，在成绩上先抑后扬。

主场3：1“吃掉”陕西利君之后，申花队用胜利结束了联赛第二阶段的征程。从联赛第7轮到第22轮的16轮比赛中，申花队既经历了初期的五连败，也经历了末期的重新崛起。而这中间的转折点就是申花换帅。联赛第二阶段开始时，申花队胜陕西平国安，表面上成绩不错。但此后便遭遇连败，其中甚至还1：5惨败给深圳平安，球队的成绩下滑到了前所未有的倒数第二，球员的自信心和求胜欲望也降到了最低点。无奈之下，申花SVA俱乐部决定换帅。7月23日，在申花队当了6年助理教练的吴金贵正式出马，接替徐根宝的主教练职务。尽管上任之处，申花队又遭遇两连败，但是球队的精神面貌已经有了很大改观。当索萨匪夷所思地打进球队换帅后的第一个进球之后，申花开始了强劲的反弹。球队先后赢得了主场7：1和客场4：1的大比分胜利，主要球员曲圣卿，马丁内斯的状态也逐渐回升，相继上演帽子戏法。申花重新找回了强队的尊严。在整个第二阶段的15场比赛中，申花队得了20分，其中吴金贵上任后的10场比赛就得到16分。相比本赛季徐根宝带队的10场比赛得8分，吴金贵的战绩正好翻了一翻。在吴金贵的带领下，申花队的表现越来越出色。俱乐部也因此提出了要夺取联赛第二循环前三名的目标。而到目前为止，申花队第二循环的成绩正好排名第三。