故事梗概：

春、健与琳是美国中央情报局的华裔研究员。三人在教授伊文思的率领下，集中发展一套名为“VR战士”的计划——运用最先进的模拟科技加上药物及映像的催眼作用在极短时间内以密集输入记忆及用电脑控制肌肉操练来训练出一批高水准的捕击及射击高手。

三人原是同一孤儿院长大的好朋友健与琳更是可以为对方舍弃一切的爱侣而春正准备与青梅竹马的女友小鱼结婚。在春的婚礼上绰号ALIEN的恐怖分子突袭改变了一切，健亦要尽快救回琳。

ALIEN其实是受主融狙击手德格拉斯委托进行一惊世阴谋——、藉着香港卫星会转播世界怀决赛周整整数星期足球赛的节目到东南亚各国不断发射渗有暴力倾向的潜意识讯息，欲煽动起群众暴力情绪而引发动乱。目的是要东南亚备国因动乱而再起金融风暴。由于涉及大脑电波系统等科技知识，所以他们掳走了琳和几个先进科学家提供技术支援。

经过七天的VR训练后，春及健直捣ALIEN在香港的藏身地点，令ALIEN来了个措手不及，并救回琳及其他科学家，亦取走了一些重要资料，却给ALIEN乘机逃了。

在酒店等候的健及琳接到教授伊文思来的电话，知道VR实验出了问题，经VR受训练可能会有副作用，会有严重暴力倾向，并会出现影像混乱。伊文思已安排健等人乘专机返美接受检查。健致电找春，相约在机场见面。但是，在那一边，春刚打败杀手，听完健的电话，面对各杀手尸体，始觉自己的残暴知道已发生了副作用愿意去机场见健等人。然而，出人意料的是，中央情报局等人早已埋伏，欲捉到春。春危急之下再次狂性大作，还误认为琳为ALIEN杀手，在健面前将琳杀死。健目睹一切，痛失女友，但未能及时制上春最后逃离机场。

在昔日一同长大的孤儿院内，春与健再次相遇，春用枪指着健，表示已经发生的不可能改变，只想找出ALIEN替小鱼报仇，大仇未报之前，他是不会让任何人一一包括健杀死自己的，健只得默默望着春离去。

此时世界杯卫星直播进入倒数。ALIEN因上次春与健的捣乱，将基地移往新加坡，占据了高压发射站作为巢穴。

ALIEN原以为可以作乱于无形，没料倒最后关头，被春赶至而大举破坏。春与ALIEN决一死战，危急关头，健及时赶到。春知道自己快将失控，于是阻止健的帮忙。最后春虽打出了“VR战士”的典范，把ALIEN置于死地，却又再度陷入影像混乱的狂暴状态，并错把健当作敌人再一次要杀害自己的朋友，健被迫与春打斗。健自知敌不过春的狂暴，为免春清醒后再次面对杀死朋友的痛苦本想自我牺牲，幸好危急之际，春终于清醒过来。

健要求春回美国接受洗脑治疗，但春宁愿记住他们的情义而死也不愿忘掉一切偷生，于是自己跳入了火海了结生命。

最后只剩下了健一人回到美国，从此泪迹天涯。

本片的导演马楚成，刚凭影片《玻璃之城》荣获金马奖最佳摄影奖，早在电影界享有盛名。他曾担任影片《非常侦探》，《川岛芳子》、《甜蜜蜜》的摄影指导。

许多摄影师作导演，大多要求执着电影镜头映像风格，但马楚成在这部影片。完全无技巧地以日光为主，用最简练的镜头带出有情昧、有动作、有科幻的动作巨片。

此外，影片中的动作场面为了拍出紧凑的效果每场动作戏皆用上五部摄影机去捕捉不同的角度。影片中的动作场面除了有很多高难度的动作场面外，戏中讲及“VR训练”也有很多特技场面，所有特技均由先涛数码影画公司处理，制造出一个充满真实感的模拟世界。

影片《幻影特工》有别于一般的动作电影，亦着重友情及天长地久的爱情。健与春之间的兄弟情，他们各自与女友的恋爱。导演刻意安排健、春与琳三人清晰又简单的关系，而回避一般通俗的三角恋爱，主要希望给观众一个纯真的恋爱友情世界。